Tales of Hearts R volgt het verhaal van Kor Meteor, een dappere jonge man die in een klein vissersdorp bij de zee woont. Kor werkt onder het toeziend oog van zijn grootvader aan zijn vecht vaardigheden. Onder de indruk met de voortgang van Kor geeft zijn grootvader hem een speciaal wapen, een Soma. Soma gebruikers moeten beschikken over uitzonderlijk sterke Spiria, de bron van al het leven waar de menselijke geest en wil uit voortkomt.

Gewapend met zijn Soma komt Kor al snel een jonge vrouw tegen, Kohaku. Kohaku is onder de invloed van de kwaadaardige magie van een mysterieuze heks. Wanneer Kor de magie probeert op te heffen breekt hij per ongeluk de Spira Core van Kohaku, de bron van haar emoties. Kor gaat op zoek naar een manier om Kohaku's ziel weer heel te maken.