Winx Club: Secret Diary geeft je de mogelijkheid om jouw eigen geheime dagboek bij te houden. Hierbij hou je de Nintendo DS verticaal als een boek, net alsof je een echt dagboek in handen hebt. De game hanteert een eenvoudig en snel te doorgronden manier van besturing aan de hand van de stylus en touchscreen van de DS.

Winx Club: Secret Diary is naast een dagboek ook een agenda, waarin je al jouw bezigheden kunt bijhouden. Daarnaast kun je via WiFi berichtjes sturen naar andere Winx-spelers en is de game volledig naar eigen wens aan te passen met verschillende kleurenschema's, achtergronden en avatars.