Undercover: Dual Motives is de prequel van de point-and-click-adventure Undercover: Operation Wintersun voor de PC. In Dual Motives speel je met de fysicus John Russell. Hij wordt ervan verdacht geheime informatie door te spelen naar de Duitsers en moet binnen 24 uur bewijzen dat hij onschuldig is. Dit moet hij doen door de daadwerkelijke spion zien te vinden.

John staat daarbij niet alleen, maar krijgt hulp van Audrey, de secretaresse van de directeur van het onderzoeksinstituut. De speler kan te allen tijde wisselen tussen de twee personages die worden bestuurd met de stylus en het touchscreen. Spelers moeten de individuele kwaliteiten van de personages gebruiken om de vele puzzels in de game op te lossen.