Acid is het eerste turn-based spel van Snake. Ook maakt dit vernieuwende spel gebruik van een cardsysteem. Wanneer je dus een vijand van achteren genaderd bent, is het tijd om je "breek-zijn-nek" kaart tevoorschijn te halen. Zo zullen er nog talloze kaarten in het spel zitten. Het verhaal is als volgt: We bevinden ons in het jaar 2016. Een vliegtuig, met daarin 517 burgers en de vermoedelijke nieuwe president van de Verenigde Staten, is door een terroristische groep gekaapt. Zij hebben maar één eis en dat is overhandiging van de 'Pyhtagoras'. Al snel komt de regering van de Verenigde Staten er achter dat de 'Pyhtgoras' een codenaam is voor een geheim project waar in het Afrikaanse Tejan aan wordt gewerkt. Helaas wil de regering van Tejan niks kwijt over het project en dus sturen de Verenigde Staten er een groep commando's op af. Helaas wordt het contact met deze groep al snel verloren en begint de tijd te dringen. De enige oplossing die rest is het inschakelen van de legendarische Solid Snake.