En Killing Floor 2 los jugadores se adentran en la Europa continental para luchar contra el brote causado por el experimento fallido de Horzine Biotech, que cada vez se propaga con más rapidez y de manera más contundente. Tal es su magnitud que ha llegado incluso a paralizar a la Unión Europea. Justo un mes después de lo sucedido en el primer Killing Floor, los clones de los especímenes están por todas partes y la civilización se ha sumido en el caos: las comunicaciones no funcionan, los gobiernos se han colapsado y los cuerpos militares han sido erradicados. Los habitantes de Europa saben demasiado bien cómo sobrevivir y protegerse ante este tipo de situaciones, y los más afortunados han logrado ocultarse. Pero no todo el mundo ha perdido la esperanza... Un grupo de civiles y mercenarios ha unido sus fuerzas para luchar contra el brote y han establecido bases de operaciones de financiación privada por toda Europa.